2000年4月，MySQL对旧的存储引擎进行了整理，命名为MyISAM。
2001年，Heikiki Tuuri向MySQL提出建议，希望能集成他们的存储引擎InnoDB，这个引擎同样支持事务处理，还支持行级锁。所以在2001年发布的3.23 版本的时候，该版本已经支持大多数的基本的SQL 操作，而且还集成了MyISAM和InnoDB 存储引擎。MySQL与InnoDB的正式结合版本是4.0。
2003年12月，MySQL 5.0版本发布，提供了视图、存储过程等功能
2008年11月，MySQL 5.1发布，它提供了分区、事件管理，以及基于行的复制和基于磁盘的NDB集群系统，同时修复了大量的Bug。
2010年04月22 发布MySQL 5.5, MySQLcluster 7.1，其主要新特性包括半同步的复制及对SIGNAL/RESIGNAL的异常处理功能的支持，最重要的是InnoDB存储引擎终于变为当前MySQL的默认存储引擎。
2015年5月29日,发布了MySQL 5.6分支的最新的开发里程碑版本MySQL 5.6.25
2015年10月21日，MySQL 5.7.9 正式发布
以下是历史版本发布轨迹:
Version 3.23（2001）
一般认为3.23是MySQL真正诞生的时刻，其开始获得广泛是引用。主要改进是引入MYISAM替代了ISAM引擎，引入了全文索引和复制。并在同年INnodb创始人向MySQL提议希望支持他的Innodb存储引擎，这个存储引擎支持行级锁，支持事务，该引擎之后被证明是最为成功的MySQL存储引擎。
Version 4.0（2003）
支持新语法，比如UNION和多表DELETE语法。重写了复制，在备库使用了两个线程来实现复制。Innodb成为标准配备，引入查询缓存技术。
Version 4.1（2005）
引入了更多新的语法，并且开始支持UTF-8字符集。
Version 5.0（2006）
引入了企业级特性，视图、触发器、存储过程和存储函数。引入新的federated等引擎。
Version 5.1（2008）
2008年1月，SUN公司以10亿美元收购MySQL AB公司。在这期间MySQL社区的人都担心Oracle公司会不会不允许MySQL使用Innodb引擎了，因为在2005年Innodb存储引擎被Oracle收购。于是都开发新的引擎，但是没有多久就连MySQL都是Oracle的了，所以也不用在担心Innodb会不会给MySQL使用了。
在Sun公司对其进行了大量的推广，优化，BUG修复。同年并发布了MYSQL 5.1版本，引入了分区、基于行的复制，移除了BDB引擎。
Version 5.5（2010）
Version 5.6（2012）
2012-09-29，MySQL5.6第一个RC版本发布(MySQL 5.6.7)，2013-02-05，MySQL 5.6第一个GA版本发布(MySQL 5.6.10)。总的来说，MySQL 5.6算是一个值得期待的版本，包含了大量的新特性，了解这些新特性，不仅对数据库内核研发有帮助，对于更好的使用MySQL数据库也有着极大的意义。主要对安全，数据类型，InnoDB增强，分区的改进，复制的改进（基于GTID复制），增强了performance schema数据库，优化器的改进等等。
Version 5.7（2013）
2013-04-23,发布了MySQL 5.7.1版本